model Based CpG Islands for multiple species - R package

makeCGI is an R software package to obtain CGI from a genome. It fits two HMMs on GC content and observed to expected CpG ratio iteratively and obtain posterior probabilities for genomic regions being CpG islands. The CpG islands are then defined by thresholding the posterior probabilities.


The software package can be downloaded from here. It depends on BSgenome and Biostrings BioConductor packages. The input DNA sequence can beeither a BSgenome package or text file in fa format. Follow below steps to use the package


http://rafalab.jhsph.edu/CGI/index.html