2011年2月20日星期日

snpEff - a good tools for annotation of genomic variant data

Please see it now, snpEff (http://snpeff.sourceforge.net/).

1. Basic statistics
# chromosome length, changes and change rate
Number of sequence changes 9,253,027
Genome total length 206,667,935
Genome effective length 206,665,490
Change rate 1 change every 22 bases
Change rate details
Chromosome Length Changes Change rate
scaffold_1 33,132,539 1,359,452 24
scaffold_10 461,865 4,215 109
scaffold_100 20,959 447 46
scaffold_1000 3,807 69 55

# Changes by types
Number changes by type
Type Total Homo Hetero
SNP 8,814,428 8,814,428 0
MNP 438,599 44,803 393,796
INS 0 0 0
DEL 0 0 0
Total 9,253,027 8,859,231 393,796
SNP base changes

A C G T
A 0 419,915 911,808 742,285
C 504,241 0 253,494 1,242,615
G 1,242,598 253,782 0 505,415
T 743,247 912,385 417,592 0
Effect by type
Effect (alphabetical order) Count

29,866
DOWNSTREAM 7,645,350
INTERGENIC 1,078,923
INTRON 2,287,900
NON_SYNONYMOUS_CODING 265,461
SPLICE_SITE 5,577
START_LOST 448
STOP_GAINED 11,550
STOP_LOST 6,794
SYNONYMOUS_CODING 176,452
SYNONYMOUS_START 101
SYNONYMOUS_STOP 2,503
UPSTREAM 7,877,135
Total 19,388,060


2.
Quality: 

 Max: 0
 Min: 0
 Average: 0.0
 Median: 0
 Histogram:
  Values: 0 
  Counts: 9689284



3.
Coverage: 

 Max: 27878
 Min: 1
 Average: 21.248097073013856
 Median: 19
 Histogram:
  Values: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 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4.

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 Max: -1
 Min: -13
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 Histogram:
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5. Codon changes:

6. Amino acid changes:


 * A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
* 2,503
387
410
253

484 921


962 1,194 695

845 643
A
14,463
872 1,099
1,455





1,040

2,376 4,990 5,090

C 438
2,985

1,092 620







1,240 1,492

413 1,750
D
712
5,593 3,479
1,919 777



3,662




841
1,163
E 1,166 1,013
4,183 6,543
2,245

4,950



1,527


1,161

F

842

6,139

1,289
3,897




1,734
994
1,344
G 544 1,430 1,013 1,998 2,417
12,540







3,848 2,455
1,520 341
H


626


3,000

886
1,004 563 1,780 1,619



1,924
I




1,231

9,145 445 1,986 1,701 948

405 668 2,714 3,720

K 917


3,075


756 6,527
919 3,712
1,353 3,192
1,301


L 1,010



5,135
1,008 2,767
24,648 1,561
2,455 980 1,412 2,181
2,782 415
M







2,805 721 1,507 116


404
1,383 1,194

N


2,360


895 1,097 2,839

5,470


2,635 1,007

1,031
P
1,016




1,028

4,135

12,082 1,204 1,165 3,603 1,310


Q 1,985


1,405

2,204
1,746 1,204

956 4,137 2,138




R 1,879
2,074


2,720 2,237 886 3,758 1,616 594
1,028 3,134 12,122 2,137 810
1,626
S 1,088 1,702 1,818

2,582 1,653
933
3,383
2,919 2,639
1,992 19,834 3,048
286 1,345
T
3,336





3,877 1,314
1,691 1,162 982
851 2,969 13,414


V
3,716
760 819 1,358 1,116
4,971
3,238 1,466





13,925

W 1,644
606


271


569



1,156 318

35
Y 879
1,254 607
1,273
1,283



804


723


3,835

7. Changes by chromosome

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