Detect recombination events from population genomic data

1. Population Genomics of Early Events in the Ecological Differentiation of Bacteria

2. Detection of recombination events in bacterial genomes from large population samples
The model above is developed for the detection of recombinant materialintroduced into a closely related set of bacteria over the process of their diversification. The design is motivated by data sets of individual virulent or drug resistant lineages, and it should be noted that theabove model is likely to be sub-optimal for the analysis of data from highly structured populations (as observed in our simulations where both false and true positive rates decreased when overall geneticdiversity increased). We are currently developing the proposed modeland the inference algorithm to handle such issues and generalize the method to alternative data sets.

3. Identifying Currents in the Gene Pool for Bacterial Populations Using an Integrative Approach
Additionally, we used the BAPS program (Bayesian Analysis of Population Structure)³⁶ to examine clustering of the isolates on the basis of SNP data.