2012年2月9日星期四

good introduction to computational approaches for population genetics


Modern computational approaches for analysing molecular genetic variation data




Applications of the coalescent. The coalescent has traditionally been used in severalwaysAt its simplestit is used as a simulation toolIt provides a conciseefficient way tosimulate multiple data sets under plausible evolutionary scenarios (that isto simulatedata in the first sense that was defined in the introduction). Data that are simulated usingthe coalescent are also used to underpin methods for statistical analysissuch as thosewe discuss laterThe main limitations of the coalescent arefor examplethat it assumesrather simplistic models for population structure and selectionand can become highlycomputationally intensive when simulating long chromosomal regions24.

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