rm -f all.vcf egrep -v "^#" SNP_chr1_EXOME.vcf | awk -F ' ' ($1=="1" && int($2)>=11531680 && int($2)<=11631919)' >> all.vcf (...same for the other regions... ) cut -d ' ' -f1,2,4,5 < all.vcf | sort -t ' ' -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4,4 | uniq | wc -l
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