2012年7月22日星期日

How can I count SNPs in my VCF files

http://www.biostars.org/post/show/49386/how-can-i-count-snps-in-my-vcf-files/


rm -f all.vcf
egrep -v "^#" SNP_chr1_EXOME.vcf |
awk -F ' ' ($1=="1" && int($2)>=11531680 && int($2)<=11631919)'  >> all.vcf

(...same for the other regions... )

cut -d ' ' -f1,2,4,5 < all.vcf |
sort -t ' ' -k1,1 -k2,2 -k3,3 -k4,4 |
uniq |
wc -l

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