two NGS tools

1. MolBioLib

MolBioLib is a compact efficient C++11 programming framework with accompanying set of tools enabling rapid developmentand deployment of next-generation sequencer data analysis programs. The library includes objects to aid in storage of relationaldata, traversal of delimited files, and manipulation of sequence files. Methods range from alignment writers to statisticalfunctions and string manipulations. Tools to manipulate TSV files, count aligned hits to features such as genes, coverage, andChIP-Seq are included.

2. GenomicTools
GenomicTools is a flexible computational platform for the analysis and manipulation of high-throughput sequencing datasuch as RNA-seq and ChIP-seq. GenomicTools implements a variety of mathematical operations between sets ofgenomic regions thereby enabling the prototyping of computational pipelines that can address a wide spectrum of tasksfrom preprocessing and quality control to meta-analyses. More specifically, the user can easily create average readprofiles across transcriptional start sites or enhancer sites, quickly prototype customized peak discovery methods forChIP-seq experiments, perform genome-wide statistical tests such as enrichment analyses, design controls viaappropriate randomization schemes, among other applications. In addition to enabling rapid prototyping, theGenomicTools platform is designed to analyze large-datasets in a single-pass fashion in order to minimize memory andintermediate file requirements. Finally, the GenomicTools platform supports the widely used BED format to facilitatevisualization as well as integration with existing platforms and pipelines such as Galaxy or BioConductor.